معتقد بودند که خدایان بر طبیعت و تمام جوانب زندگی، از تولد تا مرگ حاکمند، بعضی خدایان به شکل انسان بودند، بعضی به شکل حیوانات و عده ای نیز حاصل ترکیب این دو با بدن هایی شبیه به انسان و سر حیوانات بودند. منشأ این خدایان به طور نسبی شناخته شده است. برخی از این خدایان در دوران پیش از سلسله ها ظهور کرده اند؛ در زمانی که هر دهکده، شهر و منطقه خدای خاص خودش را داشت. با گذشت زمان، تعدادی از این خدایان مشهورتر شدند و به عنوان خدایان و الهه های بزرگ ملت مصر شناخته شدند. 
مهم ترین خدا در دورۀ سلطنت قدیم خداوند خورشید با سرِ باز به نام «رع» بود. مصری ها معتقد بودند که او هر روز در شرق متولد می شود، در طی روز در آسمان سیر می کند و مثل پیرمردان هر شب در مغرب می میرد. طی شب او در زیرزمین، منطقه ای که مرده ها در آن جای گرفته اند، سفر می کرد تا دوباره به شرق برسد. یکی از منابع مصر باستان، رع را چنین توصیف کرده است: «بر فراز گنبد آسمان بر می آید، تا هر روز به خورشید زندگی بدهد.»

بجز رع در میان خدایان بزرگ می توان به اُزیریس (Osiris)، خداوند مرگ اشاره کرد، خدایی که حاکم زیر زمین بود. مصری ها معتقد بودند که روزگاری اُزیریس حاکم مصر بوده است. در واقع او به شکل فراعنه توصیف شده است؛ فرعونی که تاج بر سر دارد و در حال حمل سایر نمادهای مربوط به منصبش، مومیایی شده است. اُزیریس را برادرش سِت (Set)، خداوند طوفان و خشونت، بر تخت پادشاهی به قتل رسانده بود. ست خدایی است که غالباً به صورت تنۀ انسان با سر یک حیوان درندۀ ناشناخته به تصویر کشیده شده است. طبق افسانه های مصری، انتقام مرگ اُزیریس را پسرش حوروس (Hoorus) گرفته است که معمولاً به شکل باز نمایش داده می شد. خدایان مهم دیگر شامل آنوبیس (Anubis)، تحوت (Thot) و حتحور (Hathor) بوده اند.

مجسمۀ چوبی نقاشی شدۀ خداوند مصری، اُزیریس، حاکم زیرِ زمین، مصری ها معتقد بودند نیکوکاران بعد از مرگ در زیر زمین به اُزیریس ملحق می شوند.

آنوبیس، خداوند حنوط (کفن و دفن) بود که سرش به شکل سر شغال بود، حیوانی که معمولاً در اطراف گورستان ها پرسه می زد. تحوت که با سر لک لک آفریقایی- نوعی پرندۀ مصری- توصیف شده است، خداوند کتابت و خرد بود. و حتحور، الهه ای با سر گاو، پشتیبان زنان بود.

فرعون رئیس کاهنان تمام مصر بود. اصولاً او را خدایان بر می گزیدند تا از پیکره های آن ها که در داخلی ترین محراب معبد، تحت عنوان «قدیس مقدسین» نگهداری می شد، مراقبت کند. در عوض، خدایان در پیکره هایشان می ماندند و برکتشان را بر فرعون و مصر نازل می کردند. اما در واقع کاهنان به عنوان نمایندگان فرعون آیین مذهبی را به جا می آوردند. 
فرعون معابد عظیمی را در سر تا سر سرزمین به خدایان اهدا می کرد. معابد مصر به کلیساها، مساجد یا کنیسه های امروزی که مردم برای پرستش خداوند در آن جمع می شوند، شبیه نبود. بلکه معبد در واقع خانۀ خدایان بود و تنها فرعون و کاهنان حق ورود به آن را داشتند. مردم تنها در روزهای خاص جشن در مراسم پرستش خدای ایالتی شرکت می کردند. اما از آن جا که مصری ها افرادی مذهبی بودند، در زیارتگاه های کوچک تر محلی خدایان محلی خود را پرستش و در محراب خانه هایشان خدایان خانگیشان را عبادت می کردند. در واقع، طبق گزارش هرودوت: «مصری ها بیش از هر ملتی در سراسر جهان مذهبی هستند.»

مرده دوباره زندگی می کند

 
اعتقاد به زندگی دوباره یکی از اجزای اساسی مذهب مصری ها بود. در این باره چند نوع تفسیر و توضیح معمول بود. در یکی از این تفاسیر، مرده در زمینی در بهشت ساکن می شد که آن را «سرزمین یارو» (Yaru) می نامیدند. در این محل که به مزارع مصر بی شباهت نبود، مرده در صلح و وفور نعمت زندگی می کرد. بعضی افراد که قادر نبودند به یارو برسند- زیرا یارو را آب احاطه کرده بود- برای یاری گرفتن از حیوانات مقدس نام نویسی می کردند. جیمز هنری بریستد، مصرشناس، این سفر را بدین نحو توصیف می کند: 
گاهی اوقات شخص متوفی از باز یا لک لک می خواهد تا او را از آب عبور می دهد... گاهی اوقات خداوند خورشید او را سوار بر قایقش حمل می کند. اما اغلب ان ها به خدمات مرد قایقرانی مشهور به «صورت وارو»(Turn Face) یا «پس نگر»(Look Behind) نیاز دارند، زیرا او همیشه صورتش را به عقب برگردانده است تا قایقش را به جلو براند. او همه کس را سوار قایقش نمی کند، بلکه تنها کسانی را قبول می کند که در مورد آن ها گفته شده باشد: «او، برخلاف ظاهرش، ابلیس نیست.»

براساس نوشته های بسیاری از مورخان این نخستین بار در تاریخ بوده است که مردم به ارتباط کیفیت زندگی پس از مرگ با اعمال و رفتار دوران زندگی اعتقاد داشته اند. 
بعدها، مصری ها به این باور رسیدند که مردگان نیک در زیر مصر در جهان زیرین به اُزیریس می پیوندند و تنها فرعون مقتدر و خانواده اش همراه با تعداد کمی از اشراف و صاحب منصبان بالا قادرند به زندگی پس از مرگ برسند. حتی کسانی که در دایرۀ نزدیکان حاکم بودند نمی توانستند به جهان زیر زمین برسند، مگر این که حاکم آن ها را هدایت می کرد. به این ترتیب، به منظور نزدیکی به روح فرعون، اشراف آرامگاه هایشان را تا حد امکان نزدیک به آرامگاه فرعون می ساختند و معمولاً فرعون زمین و ماد لازم را برای ساختن آرامگاه در اختیارشان قرار می داد.